刺山柑（capparis spinosa）是多年生藤本半灌木，为山柑科（capparidaceae）山柑属（capparis）植物，起源于西亚或中亚干旱地区，在中国主要分布在新疆、西藏、甘肃等地。刺山柑具有抗旱能力强、耐风沙、耐贫瘠、耐高温等特征，在中国主要作为药用植物和防沙植物。其化学成分复杂，具有抗氧化、抗菌、抗癌、保肝等药理作用，民间用于治疗关节炎、肩周炎等。刺山柑在欧洲地中海区域也有广泛分布，在塞浦路斯、马耳他和意大利等地非常受欢迎，其果实被盐水或醋腌制之后通常作为开胃小吃，花蕾部分通常作为调味料。

　　近日，中国科学院新疆生态与地理研究所田长彦研究员团队联合中国农业科学院棉花研究所生物信息中心团队，完成了首个染色体级别的高质量刺山柑参考基因组。刺山柑基因组约274.53 mb，其中99.23% 的序列被锚定在21条染色体上，contig n50达9.36 mb，scaffold n50为15.15 mb。基于同源序列比对、de novo预测和转录组证据支持对刺山柑基因组进行注释，共获得21,577个蛋白编码基因。

　　该研究揭示了刺山柑的进化特征，鉴别出刺山柑生长过程中萜类化合物相关基因以及热休克蛋白（hsp）相关基因，为刺山柑关键药用成分调控机制及耐干旱和耐高温方面的研究提供了重要参考。作为山柑科第一个染色体级别的参考基因组，刺山柑基因组的发布为后续综合开发利用提供了宝贵遗传信息，也为整个山柑科的后续研究奠定了坚实基础。

　　研究结果以“the capparis spinosa var. herbacea genome provides the first genomic instrument for a diversity and evolution study of the capparaceae family”为题发表在gigascience。该研究得到国家重点研发计划和中科院先导项目支持。

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图1 刺山柑表型照片（a）成年刺山柑植株；（b）花；（c）果实；（d）茎；（e）叶尖

（侯翼国 拍摄）

　　图2. 刺山柑的染色体级别基因组及共线性分析